Piattaforma di sequenziamento  DNA (Sanger e NGS)

Tipologia: 
Infrastruttura localizzata
Localizzazione: 
Laboratorio di riferimento: 
Laboratorio Biotecnologie

La “Facility” di genomica si compone di varie attrezzature utili sia direttamente (Sequenziatore 3730 DNA Analyzer e Sequenziatore Illumina Next generation MiSeq) che indirettamente (Agilent 2100 Bioanalyzer, Nanodrop ND-100 specttrophotometer, M220 Focused-ultrasonicator (Covaris), Robot Hamilton) per il sequenziamento degli acidi nucleici (DNA e RNA).

Tutti gli strumenti insieme costituiscono un insieme completo per l’analisi della sequenza di acidi nucleici, comprendendo sia metodi classici di sequenziamento che quelli di “Next Generation Sequencing”.

Più nello specifico, la “Facility” viene utilizzata a supporto di tutte le attività che prevedono il sequenziamento di DNA o RNA in programmi complessi di genomica, metagenomica e trascrittomica o per la verifica di costrutti molecolari per ingegneria genetica.

La “Facility”si compone della seguente strumentazione:

  • Sequenziatore Illumina Next generation MiSeq: questo strumento è fondamentale per tutte le applicazioni Next Gen dalla metagenomica al WGS per specie più complesse
  • Sequenziatore 3730 DNA Analyzer: sequenziatore di vecchia generazione basato sulla chimica Sanger, utile nel caso di sequenziamenti singoli
  • Agilent 2100 Bioanalyzer: per l’analisi della qualità e quantità di acidi nucleici (DNA e RNA)
  • Nanodrop ND-100 specttrophotometer: per l’analisi della qualità e quantità di acidi nucleici
  • M220 Focused-ultrasonicator (Covaris): questo strumento è indispensabile per la frammentazione del DNA e quindi per la preparazione delle librerie “next gen” necessarie per il sequenziamento di genomi complessi (piante ad esempio)
  • Robot Hamilton (MicroLab Star Plus): essenziale nel caso di progetti in cui sia necessario lavorare su un alto numero di campioni. questo strumento possiede infatti due “bracci” mobili in grado di automatizzare numerosi fasi propedeutiche al sequenziamento (estrazioni di DNA, diluizioni, preparazioni PCR, ecc)